Миленко Пауновић рођен је у Деспотову, 29. новембра 1889. године где завршава основну школу. Гимназију завршава у Новом Саду, а музичке студије у Прагу и Лајпцигу.
На лајпцишком Конзерваторијуму у класи професора Макса Регера и Хуга Римана завршава студије 1911. године. Долази у Руму где је постављен за хоровођу Румског певачког друштва.
За време и после Првог светског рата борави у Јагодини где у учитељској школи ради као професор теорије музике од 1913. до 1920. године. После Великог рата прелази у Београд где је ангажован у својству хоровође певачког друштва „Станковић“ и певачког друштва „Обилић“. Једно време је професор теорије музике у музичкој школи „Станковић“ до постављања за капелана (вођа војне музичке капеле) при Министарству војном у Београду.
У музичком стваралаштву Миленка Пауновића, у осталом као и код Мокрањца и Станковића, провејавају народни мотиви и обрада традиционалног музичког народног стваралаштва. Његова најпознатија музичка дела су : „Дивна Трагедија“ и музичка драма „Ченгић ага“ и „Музичка триологија“. У самом врху његовог музичког остварења су Прва и Друга „Југословенска симфонија“.
Пауновићева дела су ретко извођена и штампана. У условима локалног музичког контекста по настанку његове прве музичке драме дуго није било могућности за извођење таквих дела. С друге стране, Пауновићева изненадна смрт прекинула је његов рад на оркестрацији музичке драме Ченгић ага и друге симфоније. Од његових значајних дела извођена је само прва симфонија (Љубљана 1924, Београд 1925, 1932, 1940, 1956), али њен успех није имао трајнију рецепцију. Деценијама готово заборављен, Пауновићев опус постао је актуелан у новијим музиколошким истраживања у оквиру којих је објављена и његова прва симфонија (2009).
Умро је у Београду 1925. године.
