Обиље воде, пространих ливада и густих шума омогућава изузетне услове за живот и опстанак разнолике фрушкогорске фауне. Подручје Фрушке горе је интересантне геолошке прошлости, тако да је у њеним седиментима откривена веома разнолика фосилна фауна.
Фауна бескичмењака је многобројна, али не и довољно проучена. Најбројнији представници су свакако инсекти. Групе бескичмењака које су највише истраживане су ваљкасти црви, метиљи, малочекињасти црви, пауколике животиње, ракови и инсекти. Детаљно су проучене фамилије осоликих мува и комараца из реда двокрилаца. Веома занимљива врста је јеленак, заштићени представник из фамилије инсеката. Мужјаци су крупнији од женки и одликују се великим горњим чељустима, разгранатим као јеленски рогови, које им служе у борби за женке. Због све мањег броја природних станишта, храстових шума, ова врста је све ређа. Поред јеленка, заштићене врсте које се истичу су риђи шумски мрав, храстова стрижибуба и врста Rosalia alpina.
Фауна кичмењака броји око 280 врста и добро је проучена. Фрушкогорски потоци нису погодна станишта за рибе, па су оне присутне са десетак алохтоних врста у вештачким акумулацијама које представљају рај за спортске риболовце. Највише има шарана, амура, сома, штуке, смуђа, бабушке, деверике и још неких врста беле рибе.
Водоземци фрушкогорског подручја присутни су са 12 врста подељених у шест фамилија и седам родова: даждевњаци, мрмољци, жабе мукачи, жабе крекетуше, жабе крастаче, жабе чешњарке и праве жабе. Шарени даждевњак је једна од веома ретких и угрожених врста из класе водоземаца. Гмизавци или рептили настањени на Фрушкој гори присутни су са 11 врста подељених у шест фамилија и девет родова корњача, гуштера и змија. Веома ретка врста из класе рептила је шарка и једина је отровна змија Фрушке горе, а занимљиве врсте су и барска корњача, смук и белоушка.
Фауна птица обухвата 211 врста, од којих се 130 врста гнезди на овом подручју, тако да Фрушка гора представља једно од најважнијих станишта ретких врста птица у Србији. Друга група птица су селице, које се два пута годишње кратко задржавају на планини. Веома значајни становници Фрушке горе су птице грабљивице, од којих већина спада у заштићене врсте као што су орао крсташ, орао кликтавац, патуљасти орао, степски соко, мрка луња, краткопрсти кобац, осичар и друго. Фрушка гора је једино место у Србији где се могу пронаћи активна гнезда орла крсташа, грабљивице која представља најугроженију врсту са Светске црвене листе. Интересантно је и присуство птица као што су црвена чапља, црна рода, дивља гуска, шумска шљука, мали шарени детлић, мала сова ушара, дрозд имелаш и друго.
Сисари су заступљени са 60 врста из 16 фамилија и 42 рода. Највише врста је из фамилије шишмиша потковичара. Регистровано је 17 врста, а најинтересантније су мали бркати вечерњак, широкоухи љиљак, дугокрили љиљак и ширококрили поноћњак. Најзанимљивије врсте ситних сисара су текуница, слепо куче, мала ровчица, пругасти миш, веверица и пух лешникар. Значајнији представници крупних сисара су шакал, дивља мачка, срна, јелен, дивља свиња, јазавац, куна златица, твор и лисица. Постоје и алохтоне врсте крупних сисара као што су јелен лопатар и муфлон, који се гаје у ловиштима.
